Criado em Halmstad, Suécia, Michael começou a tocar guitarra quando era um jovem adolescente, aprendeu a tocar copiando Punk/Hardcore e Thrash/Speed Metal da sua coleção de discos. Michael passou rapidamente para um novo nível e foi influenciado por guitarristas como Frank Marino, Michael Schenker, e Uli Jon Roth. O estilo do Michael apresenta um grande vibrato, linhas melódicas memoráveis, riffs furiosos e devastadores, e uma maravilhosa harmonia. Ele disse em revistas de guitarra que ele tem preferência por pentatônica, e o seu estilo de solo é frequentemente comparado ao do Michael Schenker.
Michael co-formou a banda de death metal Carnage em 1988 com o cantor Johan Liivia, e lançou dois demos cassete amplamente negociados, ganhando interesse underground instantâneo. Atormentado por várias mudanças de formação, Carnage gravaria o seu último álbum Dark Recollections com Michael como único membro original, mas quando o álbum saiu pela gravadora Necrosis em 1990, a banda havia se separado.
Não perdendo tempo, Michael foi recrutado pelos líderes da cena, Carcass em 1990, e lançou o álbum seminal Necroticism - Descanting the Insalubrious em 1991. Um momento de virada para a banda grindcore de longa data, o álbum foi aclamado por muitos como uma obra-prima do death metal, estrelando o trabalho de guitarra furioso de Michael Amott. A banda seguiria em frente para lançar o seu álbum mais vendido Heartwork em 1993, ajudando a definir o que é agora conhecido como death metal melódico, feito das linhas líderes do Michael, e o trabalho de guitarra de Michael e Bill Steer.
Michael deixou o Carcass em 1993, e decidiu formar uma banda influenciada por rock clássico, Spiritual Beggars. A banda lançou o seu álbum de estreia Spiritual Beggars em 1994, o que levou a um acordo com uma gravadora Europeria com Music for Nations, que lançaram Another Way to Shine em 1996.
Ainda muito por dentro do metal extremo, Michael formou um novo projeto de death metal melódico com a mesma linha do Carcass, cujo álbum Heartwork era agora considerado uma obra-prima do metal. Michael entrou em contato com o vocalista original do Carnage Johan Liivia, e também com o seu irmão mais novo Christopher Amott, que estava em uma escola de música na época, e formou o Arch Enemy. Tendo também o baterista de sessão Daniel Erlandsson, o primeiro álbum da banda Black Earth teve a intenção se ser um único projeto, mas o primeiro single do álbum, "Bury Me An Angel" recebeu atenção inesperada no programa MTV Rocks! Japonês, e em 1997 Arch Enemy assinou com uma gravadora Japonesa grande Toy's Factory, e foi convidado a fazer uma turnê pelo Japão. Michael decidiu formar uma banda completa, recrutando o baterista Peter Wildoer (Darkane), e o baixista Martin Bengtsoon.
Após a turne Japonesa, Michael retornou ao Spiritual Beggars e lançou Mantra III em 1998, agora com Per Wiberg nos teclados. Em Abril do mesmo ano, Arch Enemy voltou com Stigmata, seu primeiro álbum lançado fora do Japão, agora pela gravadora Century Media. O álbum provaria ser um sucesso crítico, e o Arch Enemy fez turnês pela maior parte do ano. No fim de 1998, Michael também contribuiu com solos no álbum do Candlemass, Dactylis Glomerata.
Arch Enemy retornou em 1999 com Burning Bridges e Burning Japan Live 1999 o qual seria a última gravação de Johan com a banda. Michael seguiu em frente para lançar Ad Astra com Spiritual Beggars em 2000, então retornou ao Arch Enemy, e recrutou a vocalista amadora Alemã Angela Gossow para o lugar de Liivia em 2000. Arch Enemy lançou Wages of Sin em 2001, e impulsionado pela nova vocalista, e banda alcançou um novo sucesso internacional. Arch Enemy fez turnês pelo mundo todo com o suporte de Wages of Sin, e Michael não retornou ao projeto do Spiritual Beggars até o final de 2002, lançando On Fire, de novo por Music For Nations. Em 2003, Arch Enemy lançou Anthems of Rebellion, de novo pela Century Media, e pela primeira vez, Arch Enemy recebeu atenção da MTV Americana com o vídeo "We Will Rise". A banda alcançaria mais altos níveis de popularidade ao redor do mundo, e fez turnês constantemente até o lançamento de Doomsday Machine em 2005, que marcou a saída de Christopher Amott, que iria dar enfoque à sua educação. Michael retornou mais uma vez para o Spiritual Beggars em 2005, lançando o álbum Demons. Ele também participou como guitarrista convidado solo no One Kill Wonder do The Haunted, na música "Bloodletting", e na gravação do Kreator em 2005 "Enemy Of God", na música "Murder Fantasies".
Em 2006, Amott fez a sua estreia como dublador quando apareceu no programa do Adult Swim, Metalocalypse. No episódio "Snakes'n Barrels", ele dublou o cientista Dr. Amomolith Chesterfield e o baixista do Snakes'n Barrels, Antonio Tony DiMarco Thunderbottom, que acabaria tendo a sua memória apagada durante a primeira música do seu show de reunião. Em 2007, o Arch Enemy lançou Rise Of The Tyrant pela Century Media.
Hoje, Michael está ocupado fazendo turnês pelo mundo e gravando com o Arch Enemy e com o reformado Carcass, Michael não descarta um retorno ao Spiritual Beggars no futuro.
Em 2008, Michael Amott se juntou ao reunido Carcass e fez turnê com eles excessivamente pela América do Norte, América do Sul, Austrália e Japão. O Carcass também tocou em muitos festivais Europeus como o Wacken '08. A os shows de reunião do Carcass continuaram em 2009, uma segunda turnê pela América do Norte aconteceu em Março de 2009.
